退職金からは税金（所得税・復興特別所得税・住民税）が差し引かれますが、それ以外にも、勤務先からの借入金等が天引きされる場合があります。
社内融資・従業員貸付制度の残債務
住宅取得や生活資金のために、会社の社内融資制度・従業員貸付制度を利用している場合、退職時にその残債務が退職金から一括で差し引かれることが一般的です。事前に借入額・残債務を確認しておくことで、実際に手元に残る金額をより正確に把握できます。
社宅・寮の退去費用等
社宅・独身寮等を利用していた場合、退去時の原状回復費用等が発生することがあり、会社によっては退職金と相殺される場合があります。詳しくは会社の規程を確認しましょう。
財形貯蓄・持株会の精算
財形貯蓄制度や従業員持株会に加入していた場合、退職に伴ってこれらの精算手続きが必要になります。退職金とは別に、それぞれの制度の窓口で解約・払い戻しの手続きを行うのが一般的です（退職金と自動的に相殺されるわけではないことが多いですが、会社によって運用が異なります）。
手取り額を正確に把握するために
退職金手取りシミュレーターで計算できるのは、あくまで税金を差し引いた後の金額です。社内融資の返済等、税金以外の天引きがある場合は、その分を追加で差し引いて考える必要があります。心当たりがある場合は、事前に人事・総務担当部署に確認しておくことをおすすめします。本計算は概算です。実際の税額は勤務先への申告状況・iDeCoとの合算等により異なります。正確な金額は税理士・税務署にご確認ください。
出典: 一般的な退職金実務の傾向（企業の公開情報を参考に作成）